La obra fue iniciada por doña Eldoncia, hija de los condes Osorio y Teresa, que en 1181 se encontraba en Benavente construyendo una iglesia “de sillares de piedra cuadrados” con el consejo y autoridad de la Orden del Hospital de San Juan.
Una construcción románica de piedra era indudablemente muy costosa en aquella época, por lo cual pronto se dieron cuenta sus impulsores que sin ayuda económica no se podría llegar a culminarla. Para ello recurrió a la Orden del Hospital y a su prior en España, Pedro de Areis. Debido a esta ayuda el templo pasó a la protección de los caballeros del Hospital y tomó la advocación de San Juan que en la actualidad se mantiene. El documento del que estamos hablando fue firmado en septiembre de 1181 y entre los confirmantes figuran algunas de las personas que participaron en la repoblación de Benavente en la época de Fernando II. Al año siguiente, 1182, debió ser consagrada la cabecera de la iglesia, a cuya fecha corresponde la inscripción que en la actualidad se puede ver en una lateral del templo junto al altar mayor.
El carácter sanjuanista del templo se mantuvo a lo largo de toda la Edad Media, como lo prueban los escudos y sepulcros que existen en su interior. La iglesia de San Juan de Mercado presenta un estilo románico más puro que su compañera Santa María, sin embargo, no se cubrió finalmente su cubierta con bóvedas, sino que en la actualidad existe un techo de madera con un tejado a dos aguas.
La planta de la iglesia tiene tres naves con un crucero que no sobresale del conjunto. La cabecera es la típica románica con tres ábsides semicirculares, similares a los de Santa María del Azogue, pero con una decoración de jaqueado en las impostas, similar a la de los edificios situados en el camino de Santiago.
El templo tiene tres portadas, todas ellas de estilo románico.
Destaca por el amplio desarrollo iconográfico la situada al Mediodía, recogida bajo un arco apuntado, la cual tiene semejanzas con el famoso Pórtico de la Gloria de la Catedral de Santiago de Compostela. El tema central que recoge el tímpano es el de la Adoración de los Reyes Magos. En el centro aparece la Virgen con el Niño sosteniéndolo en sus brazos, y a su izquierda están los tres Reyes Magos en actitud de presentar sus ofrendas. A la derecha, un poco apartada, se encuentra la figura de San José dormitando apoyado sobre un bastón. En el resto de la portada aparecen escenas relacionadas con el nacimiento de Jesucristo. En un lado de la primera arquivolta puede observar a los Magos dirigiéndose ante Herodes, el cual aparece sentado y custodiado un soldado vestido con una malla típica de la época medieval, con su escudo y amenazante con una espada en alto. Al lado opuesto figuran los tres Magos dormidos, pues en sus sueños se les recomendó que no volviesen donde Herodes para notificarle donde se hallaba Jesús. En el centro se localizan cuatro ángeles músicos o alabando y entre ellos la estrella guía o de Belén.
Son también de destacar las seis esculturas adheridas a las columnas que representan a profetas, reconociéndose entre ellos a Moisés (con las tablas), David (con el arpa) y San Juan Bautista (el titular del templo) vestido de pieles. Al otro lado de la portada la representación del apóstol Santiago, el rey Salomón y del profeta Jeremías, llamado “El Doliente. Todas las figuras presentan restos de su antigua policromía, predominando los tonos rojos, azul, verde claro y amarillo, que se realizaron en el siglo XIII. Adornan los modillones una cabeza de toro (que simboliza a San Juan) y un sonriente ángel (que representa a San Mateo) señalando un libro abierto en el que se puede leer «Mateus» y las primeras palabras de su evangelio.
En el amplio intradós del arco principal se ven los restos de las antiguas pinturas policromadas, que corresponden a las figuras de los ancianos del Apocalipsis, sentados por parejas en doce filas, con sus coronas y luciendo ropas de varios colores.
Las otras dos portadas son más sencillas, sin tímpano, así la decoración de la puerta Oeste presenta en el dovelaje en su arco decoración con cartelas en las que se representan los meses del año. Los capiteles de esta portada presentan decoración vegetal, salvo uno de ellos que es figurativa y representa a un caballero medieval junto a una dama a las puertas de una fortaleza.
La correspondiente al lado Norte daba paso a un claustro desaparecido y se halla decorada a base de lóbulos, pinzas y elementos vegetales.
En el interior de la iglesia destacan las pinturas del ábside central, alusivas al bautismo de Cristo. Corresponden a finales del siglo XV principios del XVI. En la bóveda central se desarrolla el tema de la doctrina del Libre Albedrio. También se aprecian varios frescos en el muro de la nave derecha, que representan escenas sobre la Virgen, como es una que recoge el tema de la Virgen junto a la cruz. Que sostiene a su hijo muerto entre sus brazos.
En escultura destacan algunas piezas procedentes de iglesias de Benavente ya desaparecidas. Hay una Piedad que procede del Monasterio de los Jerónimos. San Antonio Abad (que procede de la ermita de San Antón) y San Crispín (patrono de los curtidores y zapateros). En el ábside central se localiza un notable Cristo gótico. En cuanto a obras pictóricas es de reseñar el retablo hispanoflamenco situado en el muro norte, que contiene tableros de temas alusivos a la vida de San Ildefonso, el Nacimiento y la Epifanía; y tres parejas de apóstoles dentro de arcos, sobre fondo de oro. El conjunto se atribuye a algún discípulo de Juan de Borgoña (siglo XVI).
